Die X-Men müssen sich in DARK PHOENIX nicht nur ihrem stärksten und mächtigsten Gegner stellen, sie sind auch mit der Tatsache konfrontiert, dass dieser Gegner aus ihren eigenen Reihen stammt. Es ist Jean Grey, die bei einer Rettungsmission im All beinahe getötet wurde, dann aber von einer unbekannten kosmischen Kraft getroffen wird.

Etwa zehn Jahre nachdem sie es mit dem ebenso mächtigen wie machthungrigen Mutanten Apocalypse aufgenommen haben, sind die X-Men rund um Charles Xavier (James McAvoy) zu Helden geworden. Doch der damit einhergehende Ruhm steigt dem an den Rollstuhl gefesselten Telepathen zu Kopf, so dass er seine Schützlinge auf immer gefährlichere Missionen schickt.

Tim und Willi, genannt Klößchen, lernen sich am ersten Schultag auf dem Internat kennen. Unterschiedlicher könnten die beiden kaum sein, und besonders Willi, Sohn aus gutem Hause, ist nicht gerade erfreut, sich ein Zimmer mit Tim, einem Stipendiaten aus der Vorstadt, zu teilen. Doch als Klößchens Vater entführt wird

Der junge Masato (Takumi Saitoh) lebt in der japanischen Stadt Takasaki und beherrscht als Koch in einer traditionellen japanischen Suppenküche ein beneidenswertes Handwerk. Seine besondere Spezialität ist die Ramen-Nudel-Suppe. Als jedoch sein Vater unerwartet verstirbt, versetzt dies Masato zurück in seine Kindheit.