Nach einem Bombenanschlag auf den Kreml aktiviert der amerikanische Präsident das “Phantom Protokoll”. Dadurch wird nicht nur die Existenz von Ethan Hunt und des Rest des IMF geleugnet, sondern sie werden auch für den Anschlag verantwortlich gemacht. Ohne jegliche Unterstützung oder Rückendeckung muss Ethan einen Weg finden, die Unschuld seiner Organisation zu beweisen.